先ず、ホーランエンヤを語るには、松江城築城のときにまでさかのぼる必要があります。
　それは築城開始から1年後の慶長 13 年（1608）のこと、本丸の石垣を築きますが、なぜか何度も崩壊。人夫のなかには怪我をするもの、もののけに襲われるものまで続出したのです。そんなとき、出雲郷（あだかえ）という村にある芦高神社（現・阿太加夜神社／あだかやじんじゃ）に、八卦（はっけ）をよく見るという神主・松岡兵庫頭がいるとの評判が伝わり、祈祷を依頼することになりました。こうして、兵庫頭によって二夜三日の祈祷が行われ、崩壊の原因は「荒神と首の祟り」であることが判明。現地を掘ると、出てきたのは戦国時代の刀や人間の首だったのです。それらは丁重に掘り起こされて、手厚く葬られました。以来、兵庫頭は松江城の神主職を兼ねることになったのです。もちろん、石垣は二度と崩壊することなく、慶長 16 年（1611）、松江城はみごとに完成しています。
　そして時代は寛永 15 年（1638）、松平直政（まつだいらなおまさ）公がお国入り。かねて稲荷を崇敬していた新しい城主は、城内に本殿を建てさせて、兵庫頭を兼務させたのでした。

直政公が松江城主となって10 年目の慶安元年（1648）、領地では天候不順が続き、凶作が予想されました。こうした事態に心を痛めた城主は、実績のある兵庫頭を頼り、大祈祷が行われることになりました。
　その内容は、城山稲荷神社の御神霊を乗せた神輿を、兵庫頭の本務社である阿太加夜神社まで船で運び、安定した天候と五穀豊壌の大祈祷を行って、その後、城山稲荷にお戻りいただくというもの。神前には数々の供物が捧げられ、行われたお祓いは1万度。この神事は、17 日間にもおよんだと伝わります。

こうして、大祈祷はみごとに成就。以来、10 年に一度の式年神幸が行われるようになりました。式年とは一定の決められた期間のことを、神幸とは神様がお出かけになることを意味します。時代背景から、12 年あるいは16 年の間隔となったケースもありましたが、現在は、当初の10 年ごとに定められています。
　そして、いつの頃からかこの神事は、船の櫂をこぐ際の掛け合い言葉「ソーラ」「エンヤ」が「ホーラ」「エーヤ」になり、やがて「ホーランエンヤ」と呼ばれるようになったと伝わります。